home *** CD-ROM | disk | FTP | other *** search
/ BCI NET 2 / BCI NET 2.iso / archives / demos / misc / prosite.lha / Prosite / data / PDOC00385 < prev    next >
Encoding:
Text File  |  1995-03-04  |  1.5 KB  |  36 lines
  1. **********************************
  2. * Ribosomal protein L3 signature *
  3. **********************************
  4.  
  5. Ribosomal protein  L3 is one of the proteins from the large ribosomal subunit.
  6. In Escherichia  coli,  L3 is known to bind to the 23S rRNA and may participate
  7. in the formation of the peptidyltransferase center of the ribosome. It belongs
  8. to a   family  of    ribosomal  proteins  which,  on  the  basis  of  sequence
  9. similarities [1,2,3,4], groups:
  10.  
  11.  - Eubacterial L3.
  12.  - Archaebacterial Halobacterium marismortui HmaL3 (HL1).
  13.  - Cyanelle L3.
  14.  - Yeast L3 (also known as trichodermin resistance protein) (gene TCM1).
  15.  - Arabidopsis thaliana L3 (genes ARP1 and ARP2).
  16.  - Mammalian L3 (L4).
  17.  - Mammalian mitochondrial L3.
  18.  - Yeast mitochondrial YmL9 (gene MRPL9).
  19.  
  20. As a  signature pattern, we selected a conserved region located in the central
  21. section of these proteins.
  22.  
  23. -Consensus pattern: F-x(6)-[DN]-x(2)-[AGS]-x-[ST]-x-G-[KRH]-G-x(2)-G-x(3)-R
  24. -Sequences known to belong to this class detected by the pattern: ALL.
  25. -Other sequence(s) detected in SWISS-PROT: NONE.
  26. -Last update: June 1994 / Text revised.
  27.  
  28. [ 1] Arndt E., Kroemer W., Hatakeyama T.
  29.      J. Biol. Chem. 265:3034-3039(1990).
  30. [ 2] Graack H.-R., Grohmann L., Kitakawa M., Schaefer K.L., Kruft V.
  31.      Eur. J. Biochem. 206:373-380(1992).
  32. [ 3] Herwig S., Kruft V., Wittmann-Liebold B.
  33.      Eur. J. Biochem. 207:877-885(1992).
  34. [ 4] Otaka E., Hashimoto T., Mizuta K., Suzuki K.
  35.      Protein Seq. Data Anal. 5:301-313(1993).
  36.